한국 공공 연구기관, 연구자 창업기업에 120억 원 규모 계약…계약 관리 감독 도마에

계약 336건에 공공 연구비 지출…감독 도마에

한국 정부출연연구기관들은 2022년부터 2026년 6월까지 소속 연구자들이 설립한 기업에 총 120억6,475만 원 규모의 계약 336건을 발주했다. 이 가운데 절반이 넘는 182건은 경쟁입찰 없이 특정 기업을 선정해 직접 계약한 것으로, 국가과학기술연구회(NST)가 국회의원들에게 제출한 자료에 나타났다.

이 계약들은 2026년 10월 20일 대전 한국과학기술원(KAIST)에서 열린 국정감사에서 도마에 올랐다. 국회 과학기술정보방송통신위원회 소속 박정하 국민의힘 의원이 NST에서 자료를 제출받았다.

집중적으로 검토된 사례는 한국건설기술연구원이 현직 연구원이 대표로 있는 난방기기 업체에 발주한 계약 3건이었다. 총액은 4,543만 원이다. 세 계약 모두 같은 연구과제에서 나왔으며, 각각 관련 규정상 수의계약이 허용되는 2,000만 원 이하 금액이었다.

의원들은 처리에 수백 일이 걸린 연구 부정행위 신고와 근무시간에 게임 서버에 반복적으로 접속한 직원들에 대한 징계도 살펴봤다. 이들 사례는 공공 재원으로 운영되는 연구기관의 구매 결정, 조사 기한, 근무 감독을 함께 문제 삼게 했다.

이번 논의에는 공공 연구기관과 기업 간 유용한 협력을 유지하면서도 안전장치를 강화하는 과제도 담겼다. 같은 청문회에서 의원들은 프로젝트 기반 연구비 지원 제도인 PBS 폐지 후 산학 협력이 줄어들 것으로 예상한 출연연 연구자가 61.2%에 달했다는 설문 결과를 논의했다.

수의계약이 전체 계약의 54.2%

NST 자료에 따르면 연구자 창업기업과 맺은 계약 336건 가운데 수의계약은 54.2%를 차지했다. 총액은 약 54억 원으로, 전체 계약 금액 약 120억6,000만 원과 비교된다.

계약 건수로는 절반이 넘지만, 금액 기준으로는 전체의 약 45%다. 이는 수의계약이 다른 계약보다 평균 규모가 작았다는 뜻이다.

수의계약은 입찰을 통해 기업 간 경쟁을 거치지 않고 기관이 공급업체를 선택하는 방식이다. 일부 소액 계약을 포함해 정해진 경우에는 허용된다. 청문회에서 제기된 핵심 우려는 비용을 지불하는 공공기관에서 일하는 사람이 공급업체를 설립한 경우 기관이 구매를 어떻게 관리하느냐는 점이었다.

박 의원은 연구기관 전반에 대한 점검과 계약 관리 개선, 이해충돌 방지 장치 마련을 촉구했다. 이해충돌은 공적인 책무가 사적인 금전적 이해관계와 겹치는 상황으로, 이때는 관련 사항을 공개하고 독립적으로 의사결정을 할 필요가 있다.

연구자와 소속 기관의 관계가 유지된 계약 110건

8개 기관에서 구매 기관과 고용 관계를 유지한 연구자가 설립한 기업과의 계약 110건이 확인됐다. 여기에는 재직, 휴직, 기관 직책과 다른 직책을 겸할 수 있도록 허가받은 경우가 포함됐다.

이 가운데 한국전자통신연구원(ETRI)이 83건으로 가장 많았고, 한국원자력연구원 11건, 한국건설기술연구원 5건 순이었다. 따라서 이 집단의 계약 110건 중 약 4분의 3을 ETRI가 차지했다.

8개 기관 전체에서 수의계약은 110건 중 41건으로 약 37%였다. 기관별 비중에는 차이가 있었다. 원자력연구원은 계약 11건 중 10건, 건설기술연구원은 5건 중 4건을 경쟁입찰 없이 체결했다.

연구자가 기관에서 일하는 동시에 자신의 기업 제품이나 서비스를 기관이 구매할지 결정할 수 있다는 점에서 고용 관계는 중요하다. 동료들이 양쪽에서 일하는 경우에는 공급업체 선정, 작업 완료 여부 확인, 대금 승인에 대한 책임을 명확히 하는 일이 특히 중요하다.

같은 연구과제에서 나온 계약 3건

건설기술연구원 사례에서는 이처럼 역할이 겹치는 상황이 부각됐다. 연구원은 2023년 현직 연구위원이 E사로 지칭된 난방기기 업체의 겸직을 계속할 수 있도록 허가를 연장했다.

2025년 9월부터 12월까지 연구원은 배관 작업, 계측 장비 설치, 제어기 제작을 위해 이 업체와 수의계약 3건을 체결했다. 총액은 4,543만 원이었으며, 각 계약 금액은 2,000만 원 이하였다.

관련 규정상 이 금액 이하 계약은 수의계약으로 체결할 수 있었다. 그러나 세 건 모두 같은 연구과제에 속해 있어, 수의계약 기준을 맞추기 위해 업무를 소액 계약으로 나눈 것 아니냐는 의혹이 제기됐다.

구매를 요청하고 작업을 감독·검수한 직원들은 E사 대표인 연구자와 같은 연구본부에 소속돼 있었다. E사는 연구원 창업보육시설 안에 사무실도 두고 있었다.

이런 정황 때문에 각 계약의 금액뿐 아니라 더 넓은 범위의 검토가 이뤄졌다. 공급업체 경영진과 납품을 감독하는 직원들, 사무 공간을 제공한 기관이 같은 직장을 매개로 연결돼 있었기 때문이다.

연구원, 규정 준수 강조하며 개선 약속

건설기술연구원은 박 의원실에 이해관계 공개나 의사결정 회피 신청은 해당되지 않는다고 밝혔다. 계약은 기존 연구원 규정을 따랐으며 공정성을 높이기 위한 규정 개정을 추진하고 있다고 설명했다.

국정감사에서 박선규 건설기술연구원장은 계약 금액이 약 4,500만 원이라고 밝히고 일부 구매는 소액 수의계약을 허용하는 조항에 따른 것이라고 설명했다.

박정하 의원은 연구자 창업을 장려하되 계약 결정은 투명하게 하고 기술은 공정한 경쟁을 통해 검증해야 한다고 말했다. 국민의힘 의원은 기관이 지켜야 할 경계에 대해 다음과 같이 밝혔다.

연구자 창업이 원 소속 기관과의 계약에서 이해충돌이나 특혜 논란으로 이어져서는 안 됩니다.

계약 분할 의혹에 대한 결론이나 연구원 규정 개정 완료 시점, 전반적인 점검 일정은 발표되지 않았다. 연구원은 기존 규정을 준수했다고 해명하는 한편, 규정 개정 필요성도 인정했다.

연구 부정행위 신고 처리에 평균 약 300일

김선민 조국혁신당 의원이 과학기술정보통신부에서 제출받은 별도 자료에 따르면 2021년 이후 연구 부정행위 또는 연구비 부정 사용 신고는 108건 접수됐다.

취하되거나 각하된 신고 4건을 제외한 나머지 104건은 처리 또는 경과 기간이 평균 약 300일이었다. 29건은 1년 넘게 걸렸으며, 이는 해당 집단의 약 28%에 해당한다.

평균에는 종결된 사건과 아직 처리 중인 사건에 이미 소요된 시간이 모두 포함됐다. 결정을 기다리는 연구자들에게 이 수치는 절차가 1년 가까이, 또는 그 이상 이어질 수 있음을 보여준다.

연구개발특구진흥재단이 처리한 정부 보조금 부정 수급 의혹 사건은 2022년 2월 신고부터 2024년 9월 조사 결과 제출까지 938일이 걸렸다. 참여 연구원을 허위로 등록했다는 또 다른 의혹은 조사 결과 보고서가 나오기까지 621일이 소요됐다.

한국연구재단의 관리·감독을 받는 표절 신고 사건은 경북대가 조사했으며, 2022년 4월 접수된 뒤 4년 6개월 동안 재심의가 진행 중이었다.

6개월 규정, 최종 기한 없이 연장 가능

과학기술정보통신부의 정보통신·방송 분야 규정과 교육부의 연구윤리 지침은 일반적으로 예비조사 착수부터 판정까지 6개월 이내에 사건을 처리하도록 하고 있다.

그러나 두 규정 모두 연장 횟수나 전체 조사 기간에 제한을 두지 않은 채 연장을 허용한다. 이에 따라 명시된 6개월을 훨씬 넘겨 사건이 계속될 수 있다.

신고 통계는 신고 시점부터 기간을 계산하는 반면, 규정상 시계는 예비조사가 시작될 때부터 작동한다. 따라서 정식 조사 착수 전까지의 시간과 조사·판정에 걸리는 시간을 구분해 살펴볼 필요가 있다.

장기 사건을 보면 최종 판정이 얼마나 늦어질 수 있는지 알 수 있다. 보조금 사건은 조사 결과 보고서가 나오기까지 2년 6개월 이상이 걸렸고, 표절 신고는 4년 6개월이 지난 뒤에도 재심의가 이어졌다.

사건 진행 경과

계약, 신고, 징계 사례는 여러 해에 걸쳐 발생했다. 시간 순으로 살펴보면 2026년 10월 청문회에서 개별 결정과 관련 규정이 함께 논의된 배경을 알 수 있다.

• 2021년 이후: 당국에 연구 부정행위 또는 연구비 부정 사용 신고 108건이 접수됐다.
• 2022년 2월: 정부 보조금 부정 수급 의혹이 신고됐으며, 938일이 지난 2024년 9월 조사 결과 보고서가 나왔다.
• 2022년 4월: 경북대가 조사한 표절 신고가 접수됐다.
• 2023년: 건설기술연구원이 소속 연구자의 E사 겸직 허가를 연장했다.
• 2024년: ETRI 부설 국가보안기술연구소 직원 5명이 근무시간 중 반복적으로 게임 서버에 접속한 사실이 적발됐다.
• 2025년 9~12월: E사가 4,543만 원 규모의 수의계약 3건을 따냈다.
• 2026년 6월: 2022년부터 시작된 계약 336건을 집계한 NST 자료의 기준 시점이 마감됐다.
• 2026년 10월 20일: 대전에서 열린 국정감사에서 의원들이 계약과 산학 협력 우려를 살펴봤다.

시간 순서상 E사와의 계약 3건은 연구자의 겸직을 연구원이 승인한 뒤 체결됐다. 일부 신고는 여러 차례의 연례 감독 기간을 거치는 동안에도 계속 처리 중이었다.

근무 중 게임 접속으로 견책

공공 연구기관의 근무 감독과 관련해 직원 징계 문제도 제기됐다. 국가보안기술연구소 직원 5명은 2024년 근무시간에 게임 서버에 반복적으로 접속한 뒤 견책 처분을 받았다.

직원 한 명의 접속 기록은 90시간을 넘었다. 연구소는 당초 이 직원에게 감봉 처분이 적절하다고 판단했지만, 과거 표창을 고려해 징계 수위를 낮췄다.

연구소는 접속 시간에 해당하는 연차와 급여를 차감하고 업무와 무관한 웹사이트 차단을 강화했다고 밝혔다. 이 조치들은 견책과 함께 이뤄졌다.

이 사건은 선택된 징계와 과거 포상을 이유로 징계를 낮춘 결정 모두에 관심을 모았다. 지출과 연구윤리 조사라는 더 큰 문제와 함께 일상적인 근무 감독도 도마에 올랐다.

연구비 제도 변화 속 산학 협력 유지

청문회에서는 PBS 폐지로 공공 연구기관과 중소기업의 협력이 줄어들 수 있다는 우려도 다뤄졌다. PBS는 연구비를 개별 과제와 연계하는 제도다. 제도 개편 논의에서는 연구자들이 더 안정적으로 연구비를 확보하면서 기업과의 과제도 계속 수행할 수 있는 방안이 쟁점이다.

한준호 더불어민주당 의원은 2026년 6월 한국산업기술진흥협회 설문조사에서 연구기관 소속 연구자의 61.2%가 PBS 폐지 후 산학 협력이 감소할 것으로 예상했다고 밝혔다. 공공 연구기관과 협력한 경험이 있는 기업 중에서는 77.2%가 공동 연구가 연구개발에 도움이 됐다고 답했다.

두 수치는 서로 다른 집단을 설명한다. 하나는 변화를 예상하는 연구자이고, 다른 하나는 과거 협력을 평가한 기업이다. 이를 종합하면 연구기관의 안정성을 높이려는 연구비 제도 개편이 기업들이 이미 가치 있게 여기는 서비스를 약화시킬 수 있다는 우려가 드러난다.

한 의원은 중소기업을 위한 단기 소규모 과제를 유지하고, 기존 협력 업체와의 협력을 심화하며, 더 많은 지역 기업에 기회를 열어야 한다고 촉구했다. 그는 한국기계연구원 영남권 연구부서의 공동 과제가 2023년 6건에서 2025년 30건으로 5배 늘어난 사례를 들었다.

손웅희 한국생산기술연구원장은 기업 협력이 축소될 수 있다는 우려를 인정하고 산업 현장과 밀접하게 연계된 기관의 필요를 반영한 연구비 제도를 마련해야 한다고 말했다.

연구 인력 문제도 부담을 더한다. 10월 초 공개된 NST 자료에 따르면 2025년 자발적으로 퇴직한 연구자는 155명이었고, 이 중 137명은 30~40대였다. 상당수는 학계를 포함한 다른 진로를 찾아 젊은 연구자들이 연구기관을 떠났다.

연구기관이 당면한 과제는 연구에 필요한 인력과 기업 관계를 유지하면서 공급업체 선정의 독립성을 높이고 신고를 신속히 처리하는 것이다. 청문회에서 의원들은 연구자 기업이 관련된 구매에 대한 통제를 강화하는 한편, 중소기업이 공공 연구기관을 계속 이용할 수 있도록 해야 한다고 촉구했다.

핵심 내용

• 공공 연구기관은 2022년부터 2026년 6월까지 연구자 창업기업에 약 120억6,000만 원 규모의 계약 336건을 발주했다.
• 수의계약은 182건으로 전체의 54.2%였으며, 총액은 약 54억 원이었다.
• 건설기술연구원의 계약 3건은 같은 연구과제에서 나왔고 각각 수의계약 기준 금액 이하였다는 점에서 검토 대상이 됐다.
• 연구 부정행위 및 연구비 관련 신고 104건의 처리 또는 경과 기간은 평균 약 300일이었으며, 29건은 1년 넘게 걸렸다.
• 조사 규정에는 일반적으로 6개월의 처리 기간이 명시돼 있지만, 연장 횟수나 전체 기간에는 제한이 없다.
• 의원들은 기업들이 공동 연구를 가치 있게 여긴다는 설문 결과를 들며 연구비 제도가 바뀌는 동안 산학 협력을 보호해야 한다고 촉구했다.